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Targeted Genotyping 분석

 

대량 시료의 target SNP 좌에 대한 선택적 지노타입 정보 확보 및 생물정보 분석

 

•원하는 Target site(SNP)의 주변 read만 대량으로 sequencing하여 정확성과 효율을 높인 genotyping 방법

•Genome wide한 target SNP 마커와 대량 시료를 대상으로 genotyping 정보를 저렴하게 분석하는데 적합한 분석 방법

(ex) 핵심 집단 선발을 위한 유연관계분석 및 자원 평가 등에 적합

Targeted genotyping 분석을 위한 workflow

•Target SNP를 포함하는 특정 영역 선정 (약 2,000 - 2,500 좌)

•특정 영역을 증폭 및 구분 할 수 있는 probe 각 2개씩 제작 (약 5,000 개 probe 제작)

•분석하고자 하는 샘플 준비 (96~3072개 가능, 분석비를 고려하여 960 샘플을 1set로 진행)

•원하는 SNP 영역 Sequencing 및 분석 (예시 : SNP 2,500 * 시료 960개 = 약 2,400,000 SNP 정보 확보)

Targeted genotyping 장점

•사용하면 대량의 샘플과 대량의 마커를 screen 할 수 있는 Library를 2일 만에 제작, 4주안에 genotyping 가능

•원하는 부위만 선발하여 NGS sequencing이 진행되기 때문에 효율적으로 read depth 확보 가능

•Library에 제작에 사용되는 DNA input 농도(약 10ng 이상)가 낮아도 제작과 분석 가능
(ex) NGS library는 500ng이상, GBS는 최소50ng

Targeted genotyping 활용

•약 2000-2500개의 Targeted SNP 정보를 확보하고 있을 경우

•GBS 분석(96개 시료) 등을 통해 genome-wide SNP 정보를 확보한 이후 targeted genotyping 분석을 진행하고자 할 경우

•약 1000 개 이상의 많은 시료를 대상으로 지노타입핑 정보를 확보 하고자 할 경우

•Random 하게 선발한 SNP 좌가 아니라 특정 SNP 좌(약 2000-2500개)의 지노타입핑 정보를 이용하여 자원관리 및 평가 등의 생물정보분석을 진행하고자 할 경우

첨부파일

• Targeted Genotyping 분석.pdf (1.7M) 0회 다운로드 | DATE : 2022-11-16 14:02:45