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GBS 결과를 활용한 지노타입핑 체계 구축

GBS 분석으로 선발된 SNP 정보를 이용하여 real-time PCR에 활용 가능한 마커를 개발

 

•GBS를 이용하면 집단(품종, 원산지)구분이 가능한 Genome-wide한 SNP 정보를 얻을 수 있음

•Genome-wide SNP 마커를 선발하여 형광 probe를 제작하면 Real-time PCR 장비를 이용하여 대량의 시료를 대상으로 간편하게 지노타입핑 결과를 

얻을 수 있음

•사용하는 SNP 마커 수가 적을 경우에는 일반 real-time PCR 장비를 이용하여 지노타입핑을 수행 할 수 있으며 마커 수가 많아질 경우(48 -98개)에는 

High-throughput genotyping 장비를 사용하면 보다 효율적으로 활용 가능

대량 시료에 대한 지노타입핑 시스템 구축

GBS 분석 후 선발된 SNP 마커를 이용하여 집단(품종, 원산지, 형질 등)을 구분할 수 있는 형광 probe 마커 개발

 

*GBS 분석

•많은 수의 시료를 대상으로 SNP 마커를 스크리닝 하는데 최적화

•유전체 서열에서 제한효소에 의해 잘려진 영역 주변 서열만을 random 하게 시퀀싱 진행

•유전체 전체를 시퀀싱 하는 WGS에 비해 저렴하고 손쉽게 Genome-wide SNP 분석 가능

*집단 구분 마커 선정

•GBS 분석을 이용하여 Genome-wide SNP 후보를 선발

•각 집단의 공통 SNP 좌를 선발한 후 선발된 좌를 대상으로 각 집단별 차이를 보이는 SNP 좌를 최종선발

 

  *형광 probe 디자인

•Target 부위의 SNP type을  형광 Probe를 이용하여 최적의 지노타입핑 결과가 나올 수 있도록 probe design

*SNP genotyping

• 형광 probe를이용하여 해당 샘플및 사용기기에서 최적 조건을 탐색

• Real-time PCR을이용한 실험,genotyping 분석 

• 분석 자동화 tool 개발 중 대량의 샘플의 genotyping 결과를 손쉽게 처리 

 

•GBS 분석 후 식물 집단(품종, 원산지, 형질)을 구분 가능한 최소한의 후보 SNP 마커를 선정

•Target SNP 좌를 대상으로 형광 probe를 디자인하고 real-time PCR을 이용한 지노타입핑 시스템을 구축

형광 probe를 이용한 지노타입핑 시스템 구축

 

ü 집단 유연관계 분석

형광 probe를 이용한 지노타입핑 시스템 구축을 위해서는 최소한의 SNP 마커를 선발하여 집단 유연관계 분석을 해야 하므로 전체 genome-wide SNP에서 분석 해상도를 유지시키면서 마커의 수를 줄일 수 있는 마커 선발 knowhow가 매우 중요함

✓ 특정 형질의 지노타입핑 

Spot의 위치에 따라 각 마커의 지노타입핑 결과를 확인할 수 있음

첨부파일

• GBS결과를 활용한 지노타이핑 체계 구축.pdf (1.7M) 0회 다운로드 | DATE : 2022-11-15 18:19:28